Fank1基因敲減小鼠差異表達基因篩選及驗證.pdf

1、目的：在分子生物學和遺傳學中,轉錄因子(transcription factor TF)是一類可以和DNA序列特異結合的蛋白質,控制著遺傳信息從DNA到RNA轉錄的過程。轉錄因子以單獨形式或者與其他蛋白形成復合物的形式通過啟動或者抑制RNA聚合酶來調控轉錄,包含一個或者多個DNA結合區(qū)域,可以和其調控的基因的DNA序列結合。轉錄因子從功能上可將轉錄因子分為兩類,即普遍性轉錄因子和激活轉錄因子。普遍性轉錄因子是轉錄起始復合物組成成員,主要

2、功能是將RNA聚合酶定位在核心啟動子上,為啟動子起始轉錄所必需。激活轉錄因子可影響轉錄起始復合物的組裝及轉錄效率,決定某一基因是否表達。它們在真核生物基因的轉錄調控中占有十分重要的地位,是基因表達調控的核心內容之一。Fankl(fibronectin typeⅢ and ankyrin repeat domains1)是一個睪丸特異表達基因,編碼一種核蛋白,在精子發(fā)生過程的減數分裂到單倍體階段廣泛表達,相關實驗表明該蛋白為睪丸組織特異T

3、F。前期研究中我們已經運用CAST實驗篩選得到與Fankl特異結合的DNA靶點。本研究中通過基因芯片分析得到差異表達基因,進行聚類分析,相互作用分析,找出與Fankl相互作用的一組基因,為進一步找出Fankl的信號通路奠定基礎。對該基因的深入研究可能會有助于對精子發(fā)生及調控機制的深入了解,從而對揭示精子發(fā)生的精細調節(jié)起到關鍵性作用。
　　 方法：通過基因芯片分析Fank/Knockdown(KD)小鼠與同窩陰性小鼠,獲得差異表達

4、的基因。生物信息學網站和軟件對差異表達基因進行聚類分析,相互作用分析,找出與Fankl相互作用的網絡。把差異表達基因啟動子與我們前期實驗得到的與Fankl TF特異結合的DNA核心序列進行比對,從而得到受Fankl調控的下游基因。我們從中挑選出感興趣的基因,在細胞水平,構建一個Fankl表達質粒轉染293T細胞,檢測目的基因表達變化,驗證目的基因和Fankl的相互作用;在動物水平,通過檢測KD小鼠和同窩陰性小鼠睪丸組織目的基因表達差異,

5、驗證芯片結果;通過檢測KD小鼠和同窩陰性小鼠心、肝、肺、腎、睪丸組織中目的基因的表達,驗證差異表達是否發(fā)生在睪丸組織中。
　　 結果：
　　 1、芯片分析得到差異表達的基因355個,其中上調243個,下調112個。在這些數據中,差異趨勢一致的有25個,其中上調16個,下調9個。
　　 2、差異趨勢一致的差異表達基因中有10個基因的啟動子中含有CAST得到的與Fankl轉錄因子特異結合的核心序列(AAAAAG)。<