群體選擇方法的并行設(shè)計與實現(xiàn).pdf

1、伴隨著中性理論、群體遺傳學(xué)以及DNA測序技術(shù)不斷發(fā)展，結(jié)合DNA分子數(shù)據(jù)分析方法的建立和完善，使得群體選擇、群體遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)方面的研究得到了更加廣泛關(guān)注。
　　本文在理論研究的基礎(chǔ)上，進一步探討了群體選擇方法的并行過程，以便于提高運算效率。本文從群體遺傳多樣性方法的原理出發(fā)，對中性進化方法、連鎖不平衡和單倍型塊進行了深入的研究。在實際應(yīng)用方面，為了提高種群選擇方法的運行效率，采用OpenMP并行技術(shù)實現(xiàn)了群體選擇方法的

2、并行計算:中性理論Tajima'sD算法的并行計算、連鎖不平衡的并行計算和基于EM算法推斷單倍型頻率的并行計算。通過對算法的仔細研究，對程序的并行粒度劃分、負載平衡安排、調(diào)度策略實施和線程設(shè)置等進行系統(tǒng)分析與并行優(yōu)化，從而提高程序的加速比和CPU運行效率。
　　群體選擇方法的計算是以DNA分子序列為基礎(chǔ)，Tajima'sD方法采用并行技術(shù)對單核苷酸多態(tài)性位點上基因型頻率進行運算，得到中性進化結(jié)果。對于連鎖不平衡過程，主要研究了不同