煙草特異性分子標記的開發(fā)與遺傳育種數據庫的構建.pdf

1、煙草（Nicotiana tabacum L.）是茄科(Solanaceae)中一種重要的經濟作物，在全世界很多國家都有種植，同時也是最早應用于分子生物和基因工程研究的模式植物之一。隨著DNA分子標記技術的發(fā)展及在煙草研究領域中的應用，煙草遺傳與育種研究的工作已實現了向現代分子領域的轉變。本研究基于煙草的部分基因組序列及EST序列，大規(guī)模的開發(fā)了微衛(wèi)星標記(SSR)標記與潛在性內含子(PIP)標記。同時，種質資源的多樣性，是煙草遺傳多樣

2、性的重要保障，也是育種的重要材料來源。為了更好的促進煙草遺傳與育種的研究，本研究基于山東農業(yè)大學煙草實驗室的煙草種質資源，以及公共數據庫的序列資源、遺傳圖譜、轉基因信息等，結合上述開發(fā)的分子標記，構建了首個煙草遺傳育種數據庫。主要結果如下:
　　 1、基于普通煙草基因組數據，開發(fā)了66297對Genomic-SSR標記;基于4種煙草EST序列，開發(fā)了10551對EST-SSR標記;基于煙草EST序列及擬南芥基因組序列，開發(fā)了12

3、388對PIP標記。
　　 2、對上述開發(fā)的標記，在煙草序列中，進行電子PCR驗證，結果表明3種標記在煙草序列中均能擴增到相應的產物，達到了100％，3種標記分別在原煙草序列中獲得的等位基因位點數分別為:2.3個(Genomic-SSR)、1.2個(EST-SSR)、2.0個（PIP）。
　　 3、通過對本實驗室廣泛收集，并妥善保存的各類煙草種質資源進行整理，以及對多年來所做的種質資源研究結果進行細致的分析:按照不同的煙

4、草類型，依據植物學分類、植株特征、生理生化試驗數據、品吸特征、抗病性能等進行數據的分類統(tǒng)計，最終獲取共計1472份煙草種質資源的詳細信息。
　　 4、通過對種質資源、序列信息、分子標記、遺傳圖譜以及轉基因等信息進行分析與整理，建立了首個煙草遺傳育種數據庫TGB(http://yancao.sdau.edu.cn)。該數據庫以Linux+Apache+MyS QL+PHP為基礎進行的構建，由3部分構成:材料庫（種質資源與煙草序列）

5、，分子標記庫(Genomic-SSR，EST-SSR，PIP)，以及應用庫（遺傳圖譜與轉基因）。
　　 5、本數據庫同時還是一個煙草遺傳與育種相關科研的互動交流平臺，主要提供以下功能:1）種質資源、SSR和PIP標記的查詢;2）SSR與PIP標記的在線設計與下載;3）煙草基因組序列及EST序列的下載;3）煙草序列的Blast比對功能;4）普通煙草SSR標記構建的遺傳圖譜及標記信息下載;5）基于Perl語言開發(fā)的SSR標記與PIP