10614.權(quán)重樣條分析方法計(jì)算tcrpmhc自由能

1、碩士學(xué)位論文權(quán)重樣條分析方法計(jì)算TCR／pMHC自由能ComputingthebindingfreeenergybetweenTCRandp／MHCusingWeightedHistogramAnalysisMethod學(xué)號(hào)：2l!Q呈Q魚2完成日期：2Q!壘二墨大連理工大學(xué)DalianUniversityofTechnology大連理工大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要TCR識(shí)別MHC提呈的抗原肽具有高靈敏性和特異性，識(shí)別過程中存在結(jié)構(gòu)和能量的變化

2、。精確計(jì)算大分子體系的自由能面臨非常多的困難。一般地，計(jì)算體系自由能變化的方法有自由能微擾、熱力學(xué)積分方法、MM／PBSA方法。權(quán)重樣條分析方法把自由能微擾方法與傘形采樣方法結(jié)合起來，通過傘形采樣窗口添加約束勢(shì)得到體系狀態(tài)的無偏概率分布情況，進(jìn)而得到更加精確的自由能計(jì)算結(jié)果。這一方法具有普適性，它建立了非平衡態(tài)過程與平衡態(tài)自由能的橋梁。本文選擇了T細(xì)胞A6和Tax／HLAA2作為蛋白質(zhì)相互作用的受體和配體，計(jì)算了二者從結(jié)合狀態(tài)過渡到解離

3、狀態(tài)過程中體系自由能的變化情況。計(jì)算得到的結(jié)合自由能值為749kCal／mol，與SPR(Surfaceplasmonresonance)實(shí)驗(yàn)值相比，相對(duì)誤差僅為29％。通過對(duì)結(jié)果數(shù)據(jù)的分析，得出結(jié)論：結(jié)合自由能的精確度與拉伸力常數(shù)和拉伸速率有非常重要的關(guān)系，因?yàn)楫?dāng)拉力足夠大時(shí)，受力分子做恒速運(yùn)動(dòng)，耗散功?。贿\(yùn)用權(quán)重樣條分析方法時(shí)，選擇采樣窗口具有不確定性，要加強(qiáng)采樣密度。關(guān)鍵詞：結(jié)合自由能：自由能微擾：傘形采樣：平衡常數(shù)：拉伸分子動(dòng)力